El Colegio San Agustín fue fundado por los agustinos en el Convento San Agustín, situado en el Jirón Ica del centro histórico de Lima. Las clases se iniciaron el 15 de marzo de 1903 bajo la dirección de Fr. Ignacio Monasterio. En aquel entonces, todos los maestros eran religiosos agustinos.
Hasta 1920, el colegio funcionó como internado con capacidad para unos ochenta alumnos. Desde sus inicios, gozó de un gran prestigio, atrayendo a muchos hijos de familias prominentes de Lima.
En 1955, el colegio se trasladó a su ubicación actual en San Isidro, donde se construyeron gradualmente los diversos pabellones de aulas. Durante este período, el colegio se destacó por su alto nivel académico y deportivo. El 21 de diciembre de 1958 se llevó a cabo la solemne bendición e inauguración de la Capilla del colegio.
También se inauguró el pabellón conocido como Sección Infantil, que actualmente alberga los grados 3º y 4º de primaria. En 1959 se inauguró la Biblioteca Escolar. En 1969 se inauguró el gran Coliseo, con capacidad para albergar a unos 2000 espectadores. En 1978, en ocasión de sus Bodas de Diamante, el colegio fue inscrito en el Registro de Honor del Ministerio de Educación. En 1985, se comenzó a recibir alumnos para Educación Inicial en el local de Monterrico.
En 1993, se inició la transición hacia una educación coeducativa, que progresivamente se extendió desde la etapa inicial hasta el quinto grado de secundaria. La Promoción 2004 fue la primera en graduarse bajo este modelo.
Durante este período, se llevó a cabo una expansión significativa de las instalaciones, incluyendo la construcción de nuevos pabellones. En el año 2000, se comenzó la edificación de un Auditorio que fue inaugurado el 30 de junio de 2001. En 2003, se construyó el pabellón Centenario para conmemorar el centenario de la fundación del colegio.
Entre los exalumnos más destacados del Colegio San Agustín se encuentra Javier Pérez de Cuéllar, Guerra, Ex-Secretario General de las Naciones Unidas y Primer Ministro, Augusto Salazar Bondy, educador y filósofo peruano, César Miró-Quesada Bahamonde, escritor y compositor, Fernando Miró-Quesada Bahamonde, militar y ex-ministro, Renzo Reggiardo Barreto, ex-congresista, Natale Amprimo Plá, ex-congresista, Andrés Reggiardo Sayán, ex-congresista, Alberto Tejada Noriega, médico, árbitro y ex- alcalde de San Borja, Fernando Carbone Campoverde, médico y ex-ministro de salud, Jaime Cuadra, músico, Gonzalo Ortiz de Zevallos Roedel, primer fiscal de la nación, entre otros.
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